Tsutomu Nihei est né en 1971, au Japon, dans la préfecture de Fukushima. Après des études en architecture, il obtient son diplôme et intègre un cabinet d’architectes à New-York. Après quelques années il retourne au Japon et décide de devenir mangaka. Il se rend donc à la rédaction du magazine Afternoon, de l’éditeur Kodansha. En 1995, il reçoit le prix spécial du jury au concours des quatre saisons du magazine Afternoon, décerné par Jirô Taniguchi, pour son récit court "Blame".
Il devient ensuite l'assistant de Tsutomu Takahashi (Jiraishin), avant de proposer son propre titre : Blame!. Publié en France, qu’il visite par deux fois, lors du festival d’Angoulême 2002, puis lors de Japan Expo 2004, il est aussi édité en Espagne, en Allemagne, en Italie et aux USA, où il adapte le mutant griffu Wolverine, dans l’album SNIKT !, suivi d’une histoire adaptation libre en Graphic Novel, tirée du jeu vidéo Halo. Aimant à prendre son temps, réfractaire au rythme éditoriaux japonais, Nihei produit peu, mais bien. Aposimz la planète des marionnettes, sa nouvelle œuvre après Knights of Sidonia et Biomega, est en cours de publication dans le magazine Sirius.
Outre les influences de sa formation d’architecte, Tsutomu Nihei s’inspire beaucoup de lecture d’auteurs tels Gibson, Sterling, affirmant son attrait pour une science-fiction de type cyberpunk. Visuellement, il avoue une passion pour Giger, le créateur des décors et monstres d’Alien, et un fort attrait pour la bande dessinée franco-belge et des auteurs comme Bilal ouMoebius ainsi que pour nombre de jeux vidéo, tels Halo. Au travers de ses œuvres Blame !, Abara ou Noise, Tsutomu Nihei se reconnaît aisément par un graphisme ébouriffant de détail et d’ambiance sombre, une construction de page architectural et très libertaire, un encrage heurté et violent, qui sont autant de témoignages de ses influences.